Comfacasanare está sometida a control y vigilancia del Estado por conducto de los siguientes entes: la Superintendencia del Subsidio Familiar, la Superintendencia de Salud, el Ministerio de Comercio, Industria y Turismo, la Contraloría general de la Nación y la Revisoría Fiscal entre otros.
Cuenta además con una dependencia de control como lo es la Unidad de Auditoría y Control Interno y la Revisoría Fiscal.
Es importante anotar que el objeto institucional de las Cajas se determina por las Leyes 21 de 1982, Ley 49 de 1990, Ley 3 de 1991, Ley 100 de 1993, Ley 115 de 1994, Ley 789 de 2002 y Ley 920 de 2004.
